Ο εμβολιασμός ανήκει στις σημαντικότερες μεθόδους αποφυγής λοιμωδών νοσημάτων και των επιπτώσεων αυτών στην υγεία. Είναι γνωστό ότι χάρη στα εμβόλια έχουν εξαφανιστεί κάποιες ασθένειες. Ο Εθνικός Προγραμματισμός Εμβολίων (ΕΠΕ) δίνει συγκεκριμένες συστάσεις και χρονοδιαγράμματα πραγματοποίησης των εμβολίων, τα οποία ενημερώνονται σε τακτά χρονικά διαστήματα.

Όλοι, αλλά ιδιαίτερα τα άτομα που πάσχουν από αυτοάνοσα ρευματικά νοσήματα χρειάζεται να ακολουθούν τις συστάσεις του ΕΠΕ. Από τη μια η ίδια η νόσος και από την άλλη η λήψη των τροποποιητικών φαρμάκων της νόσου οδηγούν σε καταστολή ή τροποποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος. Για το λόγο αυτό πρέπει αυτές οι ομάδες ατόμων να εμβολιάζονται πλήρως. Προκειμένου να επιτευχθεί η καλύτερη ανταπόκριση του οργανισμού στον εμβολιασμό πρέπει αυτός να πραγματοποιείται στα διαστήματα ανάμεσα στη λήψη των φαρμάκων και σε συνεννόηση με το θεράποντα ρευματολόγο.

Δε συνιστώνται οι εμβολιασμοί με ζώντες οργανισμούς,  ενώ σε περιπτώσεις εξάρσεων της νόσου δεν πρέπει να καθυστερεί η θεραπεία για χάρη της ολοκλήρωσης των εμβολίων που τυχόν απουσιάζουν. Δεν έχει παρατηρηθεί κάποια σίγουρη συσχέτιση ανάμεσα σε λήψη εμβολίου και επιδείνωση του υποκείμενου ρευματικού νοσήματος.